解像度が低く設定されていると、描画位置の精度が悪くなりますので、解像度を上げます。
また、仮想プリンタ側とPscanServ側の解像度設定を合わせた方が、精度が良くなります。
これらの値が異なると、解像度変換が行われるためです。
1.仮想プリンタ側の解像度設定 2ヶ所
 ・プリンタとFAX>HG/VPrinterVer2>プロパティ>詳細設定>標準の設定>グラフィックス>解像度
 ・プリンタとFAX>HG/VPrinterVer2>プロパティ>全般>印刷 設定>グラフィックス>解像度
2.PscanServ側の解像度設定
 ・ジョブ設定画面>変換対象設定>アプリケーションファイルの変換設定>容量や画質の調整>変換解像度無題